Das Fraunhofer-Institut für System- und Innovationsforschung ISI arbeitet eng mit zahlreichen Hochschulen zusammen, kooperiert mit Institutionen im In- und Ausland und ist Mitglied in internationalen Netzwerken und Beratungsgremien.

• Karlsruher Institut für Technologie (Lehrstuhl Innovations- und TechnologieManagement am Institut für Entrepreneurship, Technologie-Management und Innovation (ENTECHNON), Univ.-Prof. Dr. Marion Weissenberger-Eibl)
• Expertendialog der Bundeskanzlerin (Leitung der AG Innovationskultur, Univ.-Prof. Dr. Marion Weissenberger-Eibl)
• HeidelbergCement AG (Mitglied im Aufsichtsrat, Univ.-Prof. Dr. Marion Weissenberger-Eibl)
  
• Leibniz Universität Hannover (Institut für Wirtschafts- und Kulturgeographie, Prof. Dr. rer. nat. Knut Koschatzky)
• CEPE – Centre for Energy Policy and Economics an der Eidgenössischen Technischen Hochschule, Zürich (Prof. (em) Dr. Eberhard Jochem)
• Karlsruher Institut für Technologie (Lehrstuhl für Energiewirtschaft, Prof. Dr. Martin Wietschel)
• Universität Kassel (Honorarprofessur für Energiewirtschaft, Prof. Dr.-Ing. Harald Bradke)
• Virginia Tech (Department of Agricultural and Applied Economics, Blacksburg (Prof. Dr. Joachim Schleich)
• TAB – Büro für Technikfolgen-Abschätzung beim Deutschen Bundestag
• BETA  – Bureau d’Économie Theorique et Appliquée und LEA – Laboratoire Européen Associé an der Université de Strasbourg
• School of Public Policy des Georgia Institute of Technology, Atlanta
• IPM – Institute of Policy and Management der Chinese Academy of Sciences CAS, Peking
• Eu-SPRI – European Forum for Studies of Policies for Research and Innovation
• DIME – Dynamics of Institutions and Markets in Europe
• ETEPS – European Techno-Economic Policy Support Network
  
• Six Countries Programme